Новый аэропорт, названный тогда Магадан-56 (из-за расположения на 56 км Колымской трассы), принял на себя все обслуживание пассажирских авиаперевозок в регионе, из старых аэропортов осуществлялись только рейсы специального назначения. В последующие годы значение аэродрома Магадан-47 было утеряно, т.к. грунтовая ВПП не отвечала новым техническим требованиям.

В 1978 году трест «Промстрой» начал реконструировать взлетно-посадочную полосу и здания наземных служб. И уже 13 декабря 1980 года в Магаданском аэропорту приземлился первый самолет Ил-62. Со следующего дня лайнеры начали совершать регулярные беспосадочные рейсы из Магадана в Москву.

Самолёт-памятник АН-12 в магаданском аэропорту

20 мая 1979 года на привокзальной площади в магаданском аэропорту состоялось открытие памятника трудовой славы: самолета Ан-12 с бортовым номером СССР-11355. Авиалайнер почти 13 лет проработал в магаданском авиаотряде, выполняя транспортные перевозки на территории Крайнего Северо-Востока.

Магаданский авиаотряд, сформированный в 1963 г. из летного состава старых авиабаз, просуществовал вплоть до 1991 г., когда была проведена реорганизация. В 1991 году «Аэропорт Магадан» получил статус международного.

В сентябре 1999 года администрация Магадана зарегистрировала новое название предприятия – Федеральное государственное унитарное предприятие «Аэропорт Магадан».

В марте 2005 года постоянными стали рейсы авиакомпании «Якутия» из Якутска в Магадан.

В 2010 году 25 ноября в аэропорту приземлился двухпалубный гигант Ил-96-400Т, прибывший из Москвы.

В конце 2012 года ФГУП «Аэропорт Магадан» было преобразовано в открытое акционерное общество.

Регулярно, начиная с 2014 года, аэропорт "Аэропорт Магадан" совместно с Far East Spotting Team (Дальневосточная команда споттеров) проводит на территории аэродромного комплекса аэропорта мероприятия по споттингу в целях популяризации гражданской авиации и воздушной гавани.

20 апреля 2016 года «Аэропорт Магадан» официально получил статус федерального.

31 мая 2019 года аэропорту присвоили имя В.С. Высоцкого.

4 июня 2019 прибыл первый рейс авиакомпании «Уральские авиалинии» по маршруту «Екатеринбург - Якутск - Магадан»

9 декабря 2019 из Москвы в Магадан впервые прибыл Boeing 747-8F рейсом авиакомпании AirBridgeCargo один из самых больших самолетов в мире доставил 62,6 тонны груза (товары народного потребления) и 10,9 тонны почты. 10 декабря 2019 года Boeing 747-8F вылетел по маршруту Магадан – Гонконг